之后，施南掌管天元太一门 ，让整个天元世界奠定了天元十五宗的概念 ，则是发生在第四纪元的近古时代 ，而作为这个时代的主要战力天花板，就是陪同方倩雯重新进入天元秘境寻找药王谷 ，同为寻找自身突破契机的上官馨 ，整个天元秘境第四纪元的故事便是围绕着施南建立的太一门 、上官馨突破境界 ，和方倩雯一同离开天元秘境 ，同时为天元秘境留下接引尊者这一规矩的故事 ，而在这期间的部分，则穿插了另外两个设定 ，一个是在天元第三纪元末期 ，也就是施南掌管天元太一门的时候，登场出现的人物叶盛开，他算是以《重生法神》为首的网游系列的隐藏关键人物 。
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